Johannes X. Schachtner arbeitet nach seinem Studium und Stipendienaufenthalten in Bamberg und Paris als Dirigent und Komponist. Er leitete Orchester wie die Kremerata Baltica, die Münchner Symphoniker, das Württembergische Kammerorchester Heilbronn, die Nationale Kammerphilharmonie Prag sowie zahlreiche Ensembles im Bereich der aktuellen Musik. Musiktheaterproduktionen führten ihn u.a. ans Vorarlberger Landestheater oder zur Münchener Biennale; er ist Gründungsdirigent und künstlerischer Leiter von Ju[mb]le, dem Jugendensemble für Neue Musik Bayern.
Er ist als Dirigent regelmäßig zu Gast auf Festivals wie den Europäischen Wochen Passau, dem Festival junger Künstler Bayreuth oder den herbstlichen Musiktagen Bad Urach.
Seit 2019 ist er Dirigent der Kindersinfoniker (künstlerische Leitung Julia Fischer), mit denen er 2023 zusammen mit Mitgliedern der Academy of St. Martin in the Fields im Festspielhaus Baden-Baden zu Gast war. Ab der Saison 2025 übernimmt Johannes X. Schachtner zudem in alleiniger Verantwortung die renommierten Münchner Kinderkonzerte.

Sein umfangreiches kompositorisches Werk wird von international renommierten Solisten und Orchestern aufgeführt; so gelangte im April 2023 ein Violinkonzert mit den Bamberger Symphonikern und Julia Fischer unter der Leitung von Jakub Hrůša zur Uraufführung. Die Einspielung seiner vielbeachteten Orchestrationen sämtlicher Lieder von Giacomo Puccini (u.a. CD der Woche »The New York Times«) wurde 2024 mit dem Opus Klassik ausgezeichnet. 
Sein Hauptwerk wird seit 2010 beim Musikverlag Sikorski/Boosey&Hawkes (Berlin) verlegt.

Für die Saison 2024/2025 entstand u.a. eine abendfüllende Musiktheaterarbeit im Auftrag der Bayerischen Theaterakademie (Premiere Oktober 2024). Konzertprojekte bringen ihn u.a. mit dem Vokalensemble Vokalzirkel und dem Orchester Ventuno (Fürth) zusammen. Zudem entsteht ein neues Orchesterwerk für die NDR-Radiophilharmonie Hannover (Uraufführung September 2025).

Im Sommersemester 2021 übernahm er eine Professurvertretung im Hauptfach Komposition an der Hochschule für Musik und Theater München. Für sein Schaffen wurde Johannes X. Schachtner vielfach ausgezeichnet, u.a. 2014 mit dem bayerischen Kunstförderpreis.

Seit 2022 ist Johannes X. Schachtner Mitglied im Kuratorium des Musikfonds sowie stellvertretender Vorsitzender des bayerischen Landesverband des DKV; dem Vorstand der Tonkünstler München gehört er seit 2013 an.‍‍

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